広島護国神社は、明治元年12月、明治維新の戊辰の役において陣没された高間省三命以下七十八柱を、二葉の里に新しく造営された「水草霊社」に奉祀されたのが創建です。

以来、大東亜戦争に至るまでの幾多の事変戦争において、戦没されたご英霊およそ九万二千余柱（勤労奉仕中に原爆の犠牲となられた動員学徒、女子挺身隊等約一万柱を含む）の神霊をお祀りしています。

水草霊社は明治８年に、官祭招魂社となり、同34年官祭広島招魂社と改称されました。

昭和９年、御社殿の老朽化に伴い、西練兵場（旧市民球場の辺り）の西端に新社殿を造営し移転されました。同14年に広島護国神社と改称されましたが、昭和20年８月６日、至近距離上空で原子爆弾が炸裂し、御社殿すべてを焼失しました。

その後同地に小祠を設けて祭祀を続けてきましたが、広島市の復興に伴い移転を余儀なくされたため、復興奉賛会が結成され県民より淨財を募り昭和31年秋現在の広島城跡に新社殿が造営され、待望の復興を遂げました。

昭和46年４月、天皇皇后両陛下（昭和天皇）の御親拝を契機に参拝者が急増し、社殿の老朽化も著しく手狭となってきたため、平成の御大典記念事業として、改修及び御社殿のお建替を計画し、県市民や地元企業の御奉賛によって平成５年４月、本殿拝殿を始め儀式殿や石烏居・石畳に至る諸工事が竣功し現在に至っています。

平成10年が御創建130年に当ることから、記念事業として更なる社頭の整備事業が計画され、悠久殿の新築、儀式殿、神楽殿、社務所、参集殿の建替えなど全ての記念事業が平成２１年６月に竣功しました。